Der gesamte Mundraum ist mit Schleimhaut ausgekleidet, die zusammen mit den Speicheldrüsen Schleim und Wasser produziert und den Mund feucht hält. Der Speichel enthält im wesentlichen verdauungsvorbereitende Stoffe, die Flüssigkeit der Schleimhaut v.a. immunologische Substanzen, die Bakterien und Viren bekämpfen. Der Mund ist als offener Raum und Eintrittstelle für Nahrungsmittel und Genussmittel permanent mit Mikroorganismen konfrontiert. Ist die immunologische Abwehr geschwächt, kann es leicht zu kleineren oder größeren Infektionen kommen, die sehr unangenehm und schmerzhaft sind.

Als Erreger kommen Viren, Bakterien und Pilze in Frage. Bakterielle Mundschleimhautinfektionen stehen häufig in Verbindung mit allgemeinen Infektionen, im Kindesalter v.a. mit Masern. Infektionsherde können lokalisiert am Gaumen, an den Lippen, der Zunge, dem Zahnfleisch oder den Innenseiten der Wangen auftreten oder den ganzen Mundraum befallen. Infektionen können auch dann auftreten, wenn die Mundhygiene schlecht ist oder eine große Zahl an Mikroorganismen Eingang in den Mund erhält. Dies ist v.a. bei Bakterien aus dem Geschlechtsbereich der Fall. 

Mundtrockenheit ist besonders bei älteren Menschen ein Problem, da die Schleimproduktion nachläßt und häufig zu wenig getrunken wird. Dann ist die schützende Schleimschicht im Mund unzureichend und kann keine immunologische Abwehrfunktion mehr ausfüllen. Auch nach Operationen, bei Allgemeinerkrankungen (v.a. Rheuma) und medikamentöser Therapie kann es zu Mundtrockenheit kommen. 

Gegen virale Infektionen im Mund kann man wenig machen, sie verschwinden meist nach ein paar Tagen wieder. Antiseptische Spüllösungen sind Mittel der Wahl. Bakterielle Infekte müssen antibiotisch behandelt werden, Pilzinfektionen antiseptisch oder antimykotisch. Dies kann sehr langwierig sein, wenn die entsprechende Mundhygiene nicht ausreichend und das Immunsystem des Patienten geschwächt ist. Besonders bei HIV-Infektionen treten immer wieder schwere pilzbedingte Schleimhautentzündungen auf. 

Veränderungen der Mundschleimhaut können aber auch weitestgehend schmerzfrei sein und unabhängig von Infekten auftreten. Zumeist sind dies tumoröse Veränderungen, die als lokales Malignom oder Karzinom erscheinen oder als Metastasen von Tumoren in anderen Körperorganen (z.B. bei Brust- oder Darmkrebs). Werden solche Schleimhautveränderungen festgestellt, sollte unbedingt ein HNO-Arzt aufgesucht werden, Zahnärzte sollten Patienten zum HNO-Arzt überweisen.